В случае, когда компания заключила с физлицом гражданско-правовой договор, работы по которому он будет выполнять за пределами РФ, обязанностей налогового агента по НДФЛ у такой компании не возникает.

Источник: Письмо Минфина от 05.07.2017 № 03-04-06/42976

По общему правилу, НДФЛ облагаются все доходы физлица-резидента РФ, полученные как от российских источников, так и от источников за пределами РФ. А доходы «физика»-нерезидента облагаются НДФЛ только в случае, если они получены от российских источников.

В целях НДФЛ вознаграждение, полученное за работу, которая выполнялась за границей, относится к доходам, полученным от источников за пределами РФ.

Следовательно, если физлицо, выполнявшее работы по ГПД за пределами РФ, является российским налоговым резидентом, с полученных им по договору сумм должен быть уплачен НДФЛ. Но обязанность по исчислению и уплате налога лежит не на компании, выплатившей вознаграждение, а на самом «физике».

Если же физлицо не имеет российского резидентского статуса, то его доходы вовсе не облагаются НДФЛ.