Заказчик (организация, ИП), заключивший с физиком гражданско-правовой договор на выполнение работ/оказание услуг, должен заплатить с выплат по такому договору взносы на ОПС и на ОМС, даже если договор заключен в электронном виде и подписание его бумажного варианта не планируется.

Источник: Письмо Минфина от 21.08.2017 N 03-15-06/53467

А вот взносами на ВНиМ такие выплаты не будут облагаться в любом случае - хоть «бумажный» договор заключен, хоть «электронный». Ведь суммы, выплачиваемые по ГПД, этими взносами не облагаются в принципе.

Кстати, если заказчик компенсирует «физику» расходы на проезд к месту оказания услуги по ГПД, то взносы с этой компенсации начислять не нужно при наличии документального подтверждения понесенных физлицом расходов (Письмо Минфина от 21.08.2017 N 03-15-06/53442).