Если сотрудник, который в начале года не являлся налоговым резидентом РФ, в течение налогового периода приобрел резидентский статус, то удержанный с начала года по ставке 30% НДФЛ нужно пересчитать по резидентской ставке 13%, а излишек зачесть в счет уплаты налога при выплатах в последующие месяцы.

Источник: Письмо Минфина от 26.09.2017 № 03-04-06/62127

В случае, когда в течение календарного года весь излишек зачесть не удастся, остаток переплаты по налогу сотрудник сможет вернуть самостоятельно, обратившись в ИФНС по месту жительства (пребывания).

Обратите внимание, что пересчет НДФЛ возможен только внутри одного налогового периода (календарного года). Поэтому, если, например, нерезидент был принят на работу в октябре 2016 года, а резидентом стал в июне 2017, то пересчитать НДФЛ нужно только за период с января по май 2017 года. А налог, удержанный у него в 2016 году по ставке 30%, пересчету не подлежит.