Если фактический адрес продавца или покупателя отличается от того, что указан в ЕГРЮЛ, никто не запрещает вписать его в счет-фактуру как дополнительный реквизит.

Источник: Письмо Минфина от 21.12.2017 № 03-07-09/85517; Письмо Минфина от 15.12.2017 № 03-07-09/84086

По правилам, действующим с 01.10.2017 года, в строках счета-фактуры 2а и 6а «Адрес» указывается информация о продавце/покупателе в соответствии с ЕГРЮЛ или ЕГРИП. При этом налогоплательщик вправе вносить в счет-фактуру и дополнительную информацию (например, фактический адрес контрагента). Главное, чтобы при этом утвержденная форма документа не нарушалась.

Кстати, если в ЕГРЮЛ в состав адреса организации входит название уже упраздненного муниципального района  в составе субъекта РФ, при заполнении счета-фактуры этот уже несуществующий район можно не указывать. Ошибкой, которая может повлечь отказ в вычете НДС по такому документу, это не будет.