Если у организации есть переплата по налогу, которая больше или равна текущему платежу по этому налогу, в случае неперечисления (несвоевременного перечисления) очередного платежа сотрудники ИФНС не должны начислять пени.

Источник: Письмо Минфина от 15.03.2018 № 03-02-07/1/16043

Ведь при наличии излишне уплаченного налога (например, налога на прибыль) за предыдущий отчетный период эта сумма зачитывается в счет исполнения налоговых обязательств за последующий отчетный период. А значит, если суммы переплаты хватает на то, чтобы перекрыть потенциальную задолженность, недоимка вовсе не возникнет. Соответственно, пени начислять просто не на что.

Кстати, по той же причине наличие переплаты по налогу может спасти и от штрафа за неуплату (неполную уплату) налога. Или, как минимум, уменьшить сумму штрафных санкций.