Речь идет о платежах, которые займодавец получил, согласившись удлинить срок займа, снизить ставку по нему и т.д. (это так называемая реструктуризация долгов).Такие платежи  прямо связаны с оплатой услуги по предоставлению займа в денежной форме. А такие услуги, разумеется, от НДС освобождены Письмо Минфина России от 19.07.2012 N 03-07-08/188.

А вот как такие доплаты (комиссии) учитывать в налоговом учете – большой вопрос.

Налоговики наверняка потребуют от заемщика такие доплаты «размазывать» на весь срок займа и нормировать их так же, как проценты по ст.269 НК РФ. Особенно, если их сумма существенна и они установлены в процентном отношении от суммы займа. Такие споры в части банковских комиссий имели место.

Займодавцу же безопаснее отразить полученную плату в составе своих доходов сразу.