Бухгалтерский форум

Поскольку вычет предоставлять было не нужно, то вы недоудержали НДФЛ из доходов работника. То есть, занижена налоговая база и сумма НДФЛ, подлежащая уплате в бюджет. 
Если налоговики придут к вам с выездной проверкой в 2019 году или в 2020, то 2017 год попадает в трехлетний период, который они могут проверить (п. 4 ст. 89 НК РФ). Поэтому лучше не  рисковать и сделать перерасчет НДФЛ.  
Ответ на вопрос, нужно ли с физлица доудерживать налог, неоднозначный. Подробнее об этом читайте в ответе на вопрос «Доудержание НДФЛ с дохода за декабрь». 
Но еще хотим добавить вот что.
Если работник у вас уже не работает, то у вас будет только один выход – подать за 2017 год на него в ИФНС справку 2-НДФЛ с признаком «2» и указать в ней доход, с которого не удержан налог и сумму неудержанного НДФЛ. Поскольку вы обязаны сообщить об этих фактах и бывшему работнику, то вы можете отправить ему такую же справку, что и в налоговую (п. 5 ст. 226 НК РФ). 
И на наш взгляд поскольку была занижена сумма НДФЛ к уплате в бюджет, лучше все-таки сдать уточненные расчеты 6-НДФЛ за 2017 год начиная с того отчетного периода, на который приходится дата получения дохода, с которого не был удержан НДФЛ (Письмо ФНС от 21.07.2017 № БС-4-11/14329@ (вопрос 7)).
Если работник сейчас у вас работает и вы сможете удержать у него НДФЛ и перечислить в бюджет, а также заплатить пени, то штраф в размере 20% от неудержанной суммы налога вам не грозит (п. 3, 4, 6 ст. 81 НК РФ). Также у вас не будет штрафа в размере 500 руб. за недостоверные сведения в расчетах 6-НДФЛ в 2017 году (п. 2 ст. 126.1 НК РФ). 
Если же работник у вас уже не работает, то представление уточненок также избавит вас от штрафа в 500 руб. 
А вот предоставление справки 2-НДФЛ с признаком «2» вряд ли избавит вас от 20%-ного штрафа и пеней. Все-таки НДФЛ не был удержан в установленный срок и перечислен в бюджет.
Имейте в виду, что платить неудержанный у работника НДФЛ за свой счет компания не вправе (п. 9 ст. 226 НК РФ).