Перечисленные ликвидируемой организацией средства для исполнения ее договорных обязательств перед НПФ головной организации не будут учитываться у последней в доходах для целей налогообложения прибыли, если передача таких средств будет оформлена, к примеру, посредническим договором – в частности, договором поручения или агентским договором <подп. 9 п. 1 ст. 251 НК РФ; п. 1 ст. 971, п. 1 ст. 1005 ГК РФ>.
При этом НПФ нужно уведомить, что оплата за ликвидируемую организацию поступит от другой компании: либо головная организация указывает об этом в назначении платежа при перечислении средств фонду, либо ликвидируемая организация направляет ему соответствующее письмо <п. 1 ст. 313 ГК РФ>.
Расчеты за вашу компанию головная организация должна произвести как можно быстрее. Поскольку с момента принятия решения о ликвидации срок исполнения ликвидируемой организацией обязательств перед кредиторами считается наступившим <п. 4 ст. 61 ГК РФ>. А потому НПФ в случае просрочки сможет требовать уплаты санкций, предусмотренных законом или договором, в ходе ликвидационных процедур.
Учитывая сказанное, удобнее будет самостоятельно рассчитаться с НПФ.