Как мы поняли, вы спрашиваете о заполнении журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур. В нем в графе 10 части I «Выставленные счета-фактуры» должен быть указан тот же самый Продавец, что и в счетах-фактурах, которые вы перевыставляете принципалу. То есть в графе 10 в качестве продавца должен быть указан исполнитель услуг, а не вы как агент (подп. «к» п. 7 Правил ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, утв. Постановлением Правительства от 26.12.2011 № 1137 в ред. от 29.11.2014).
Для устранения вашей проблемы обратитесь к разработчику программы.