Насколько мы поняли из Вашего вопроса, оба контрагента применяют ОСНО.
Налоговый кодекс РФ не предусматривает никаких исключений из правила о выставлении «авансовых» счетов-фактур.
Организация при получении аванса в счет предстоящей оплаты товаров должна:
1) не позднее 5 календарных дней со дня получения аванса составить авансовый счет-фактуру в двух экземплярах (п. 3 ст. 168 НК РФ, п. 6 Правил заполнения счета-фактуры, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137);
2) зарегистрировать авансовый счет-фактуру в книге продаж (п. п. 3, 17 Правил ведения книги продаж, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137);
3) передать один экземпляр авансового счета-фактуры покупателю (п. 3 ст. 168 НК РФ);
4) в декларации по НДС по каждому счету-фактуре, зарегистрированному в книге продаж, надо заполнить раздел 9 «Сведения из книги продаж об операциях, отражаемых за истекший налоговый период» (п. п. 3, 47 Порядка заполнения декларации, утв. Приказом ФНС России от 29.10.2014 N ММВ-7-3/558@).
Покупатель товаров (работ, услуг) полученный от продавца авансовый счет-фактуру регистрирует в книге покупок, только если хочет принять к вычету НДС с перечисленного аванса (п. 9 ст. 172 НК РФ). Это является правом покупателя, а не его обязанностью, поэтому ситуация, когда продавец отразит НДС с полученного аванса, а покупатель – нет, нормальна и не влечет каких-либо негативных последствий для участников сделки. Даже если такое несоответствие в декларациях продавца и его покупателя выявит налоговый орган при проведении камеральной проверки, то инспектор может истребовать счета-фактуры, первичные и иные документы только в случае, если выявленные несоответствия свидетельствуют о занижении суммы НДС к уплате или о завышении суммы налога к возмещению, а в данной ситуации это условие не выполняется (п. 8.1 ст. 88 НК РФ).
Обратная ситуация, скорее всего, невозможна. Ведь если продавец не отразил НДС с аванса в книге продаж и в декларации, не оформив при этом счет-фактуру, то и у покупателя нет оснований заявлять вычет, поскольку у него отсутствует тот самый авансовый счет-фактура, а значит, не будет и несоответствий в представленных декларациях.
Теперь, что касается исчисления НДС и выставления счетов-фактур, если операции по получению аванса и реализации товаров (работ, услуг) произошли в одном квартале.
По мнению Минфина, сумма аванса, полученная в одном налоговом периоде с отгрузкой, подлежит включению в налоговую базу в общем порядке, а вот авансовый счет-фактуру Минфин разрешает не составлять только, если отгрузка товаров (работ, услуг) происходит в течение 5 календарных дней со дня получения аванса (Письмо Минфина от 12.10.2011 N 03-07-14/99).
Налоговики же считают, что «авансовые» счета-фактуры нужно выставлять всегда, независимо от времени, прошедшего между получением аванса и отгрузкой, а также от того, состоялись эти события в одном налоговом периоде или нет (Письма ФНС России от 10.03.2011 N КЕ-4-3/3790, от 15.02.2011 N КЕ-3-3/354@).
Отсутствие счетов-фактур может быть квалифицировано как грубое нарушение правил учета доходов, расходов и объектов налогообложения, ответственность за которое установлена п. п. 1, 2 ст. 120 НК РФ (штраф 10 000 руб. либо 30 000 руб. - в зависимости от того, в одном или нескольких налоговых периодах было допущено такое нарушение).
Поэтому исчисление НДС с суммы полученного аванса, а также выставление счета-фактуры должны производиться организацией в общеустановленном порядке вне зависимости от того, в какой срок с даты получения аванса произошла реализация, а также вне зависимости от того, приходятся ли получение аванса и реализация на один или разные налоговые периоды по НДС.