В рассматриваемой ситуации важным является условие о том, приняты ли приобретенные товары у вас к учету или нет. То есть, кто является собственником бракованного товара.
Если вы отказываетесь от товара, еще не принятого на учет (то есть его собственником остается поставщик), то возврат товара реализацией не является. Поэтому начислять НДС при возврате бракованной продукции не нужно. Но входной НДС по этому товары вы к вычету не принимаете (поскольку товар не принят к учету).
Если на дату возврата товар уже у вас оприходован (т.е. вы являетесь его собственником), то, по мнению контролирующих органов, его возврат является обычной реализацией (Письма Минфина Письма от 07.04.2015 N 03-07-09/19392, от 01.04.2015 N 03-07-09/18053, от 29.11.2013 N 03-07-11/51923, ФНС России от 05.07.2012 N АС-4-3/11044@). С таким подходом согласен и суд (Решение ВАС РФ от 19.05.2011 N 3943/11) В таком случае вам придется начислить НДС к уплате в бюджет (п. 1 ст. 39, пп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ), выставить поставщику счет-фактуру, зарегистрировать его в книге продаж и, соответственно, отразить эту операцию в декларации по НДС как обычную реализацию.
Вместе с тем, по этому товару вы вправе были принять к вычету входной НДС. В результате вы не переплачиваете НДС в бюджет с бракованного товара (поскольку начисляете к уплате ту же сумму налога, которую ранее приняли к вычету) и при этом поступаете в соответствии с рекомендациями чиновников.
Если же вы ранее не принимали к вычету входной НДС по бракованным товарам, то вы можете заявить этот вычет в периоде начисления НДС с обратной реализации.