Наша конференция посвящена НДС-вопросам, поэтому вопросы бухучета мы рассматривать не будем.
Момент начисления НДС с реализации выполненных подрядчиком работ зависит от условий заключенного договора <Письмо ФНС от 20.03.2015 N ГД-4-3/4428@>:
(если) в договоре закреплено, что ежемесячное составление и подписание форм КС-2 и КС-3 не подтверждает передачу/выполнение работ подрядчиком, а служат лишь основанием для уточнения финансирования строительства, то НДС с реализации строительно-монтажных работ надо начислять при передаче заказчику всех выполненных работ по договору. А поскольку договором поэтапная сдача работ не предусмотрена – то реализация возникает лишь при окончании строительства <п.1 ст.753 ГК РФ, подп.1 п.1 ст.146 НК РФ <Письмо ФНС от 25.01.2011 N КЕ-4-3/860@, Письма Минфина от 31.05.2012 N 03-07-10/12, от 07.11.2011 N 03-07-11/299>.
При этом деньги, полученные до приемки построенного объекта, подрядчик должен рассматривать как аванс. Правда, с полученных авансов также надо уплатить в бюджет НДС  и выставить счета-фактуры <подп.2 п.1 ст.167, п.3 ст.168 НК РФ>.
(если) по условиям договора даже при отсутствии этапов ежемесячные КС-2 и КС-3 подтверждает сдачу-приемку части выполненных работ, подрядчик должен ежемесячно отражать реализацию и начислять с нее НДС.