Переплата образуется, если вы уплатили бОльшую сумму налога, чем требуется согласно законодательству. Ни пени, ни штраф вам за это не грозят.

Для ответа на вопрос, что делать с переплатой, нужно учитывать причины ее возникновения.

Вариант 1. НДФЛ с доходов работников вы удержали верно, но уплатили в бюджет большую сумму, чем следует. Фактически вы излишне перечислили в бюджет свои собственные деньги. Поскольку за счет средств работодателя платить НДФЛ нельзя (п. 9 ст. 226 НК РФ), то эта сумма не будет считаться переплатой по НДФЛ. В таком случае средства можно вернуть как ошибочно перечисленные, представив в налоговую соответствующее заявление (пп. 5 п. 1 ст. 21, п. 6 ст. 78 НК РФ, Письма Минфина от 29.04.2014 N 03-04-05/20252, ФНС от 19.10.2011 N ЕД-3-3/3432@, от 04.07.2011 N ЕД-4-3/10764).

Вариант 2. Вы удержали с одного из работников большую сумму налога, чем нужно. В таком случае эту сумму вы должны работнику вернуть (п. 1 ст. 231 НК РФ).

Вам нужно сообщить работнику о факте и размере излишне удержанного налога в течение 10 рабочих дней с момента его обнаружения (п. 6 ст. 6.1, абз. 2 п. 1 ст. 231 НК РФ, Письмо Минфина от 16.05.2011 N 03-04-06/6-112 (п. 1)). Попросите работника написать вам заявление в произвольной форме на возврат налога (п. 1 ст. 231 НК РФ, Письмо Минфина от 19.10.2012 N 03-04-05/10-1206). Эту сумму вы должны вернуть (на банковский счет) в течение 3-х месяцев после того, как получите заявление (абз. 3-4 п. 1 ст. 231 НК РФ). 

На сумму возвращенного налога можно уменьшить в будущем сумму НДФЛ, исчисленную с доходов как работника, у которого возникла переплата, так и других физических лиц, получающих доходы от вашей компании (абз. 3 п. 1 ст. 231 НК РФ). При этом представлять в инспекцию заявление о зачете от вас не требуется. 

Если же работник заявление не напишет, то ничего делать вам не нужно.