Вычет предоставляется ежемесячно в течение календарного года по 1400 руб. на каждого ребенка (пп. 4 п. 1 ст. 218 НК РФ). Вычет действует до тех пор, пока доход родителя с начала года (рассчитанный нарастающим итогом) не достигнет 280 000 руб. (с 1 января 2016 г. этот порог повышен до 350 000 руб.) С месяца, в котором доход превысит эту сумму, вычет не предоставляется (абз. 16, 17 пп. 4 п. 1 ст. 218 НК РФ).
Что касается предоставления вычета за те месяцы (январь-март), когда у работника не было дохода, то у Минфина и ФНС по этому вопросу диаметрально противоположные мнения.
Минфин считает, что вычеты работнику не предоставляются, поскольку налоговая база за период нахождения в отпуске по уходу за ребенком не определялась (Письма Минфина от 26.12.2014 N 03-04-05/67642, от 11.06.2014 N 03-04-05/28141).
Если следовать этой позиции, то в случае выхода сотрудницы на работу в апреле 2015 года вычет на детей за январь - март не предоставляется, так как налоговая база начинает определяться только с апреля (то есть вычеты применяются после начала выплат за апрель - декабрь 2015 года).
По мнению ФНС, вычет по НДФЛ на ребенка предоставляется за каждый месяц календарного года (с января по декабрь), в том числе за те месяцы, когда у работника не было облагаемых НДФЛ доходов, но при условии, что трудовые отношения с этим работником не прерывались (Письмо ФНС от 29.05.2015 N БС-19-11/112).
Следуя такому подходу, при расчете НДФЛ за апрель вам нужно доход работника уменьшить на вычет в сумме 11200 руб. (1400 руб. х 2 детей х 4 мес.). Затем с полученной суммы удержать налог.
Заметим также, что в НК РФ нет запрета на предоставление вычета за те месяцы, когда у работников отсутствовал облагаемый НДФЛ доход. Именно такую точку зрения поддерживает ВАС (Постановление Президиума ВАС РФ от 14.07.2009 N 4431/09).
Если вы решите предоставить сотруднице вычет, то в поддержку своего мнения можно использовать письмо Минфина (Письмо Минфина от 07.11.2013 N 03-01-13/01/47571), в котором налоговым органам при решении неоднозначных вопросов рекомендуется руководствоваться позицией высших судов.