1. По сути, из-за новой формулировки п. 3 ст. 226 НК РФ порядок исчисления НДФЛ не изменился. Уточнение сделано в связи с тем, что в ст. 223 НК РФ указаны разные даты получения дохода физлицом. 

Так, для зарплаты – это последний день месяца, за который она начислена (п. 2 ст. 223 НК РФ). Для других денежных доходов (например, отпускных, больничных) – дата их выплаты  работнику (подп. 1 п. 1 ст. 223 НК РФ). А для доходов в натуральной форме – день их передачи физлицу (подп. 2 п. 1 ст. 223 НК РФ). 

И если выплата или выдача дохода происходит в середине месяца, то именно на эту дату и надо исчислять НДФЛ. А не дожидаться окончания месяца. В общем-то, до внесения поправок (до 01.01.2016) все так и делали, самостоятельно взаимоувязывая нормы п. 3 ст. 226 НК РФ со статьей 223 НК РФ. А теперь это прямо прописано в Кодексе. 

 2. В разделе 2 формы 6-НДФЛ по строке 120 надо указать крайний срок перечисления НДФЛ в бюджет, установленный в п. 6 ст. 226 НК РФ (раздел IV Порядка заполнения расчета, утв. Приказом  ФНС от 14.10.2015 № ММВ-7-11/450@, Письмо ФНС от 20.01.2016 № БС-4-11/546@). А вовсе не тот день, когда вы напечатали платежку и перечислили НДФЛ. С 2016 года для отпускных крайний срок –последнее число месяца, в котором выплачен доход (п. 6 ст. 226 НК РФ).

Но поскольку 31 января (крайний срок перечисления НДФЛ в бюджет по НК) приходится на выходной день (воскресенье), то он переносится на ближайший за ним рабочий день (п. 7 ст. 6.1 НК РФ). Поэтому по строке 120 вам надо указать 01.02.2016. 

Имейте в виду, что даты, когда вы перечисляли НДФЛ в бюджет, в форме 6-НДФЛ не отражаются.