При ответе на вопрос мы будем исходить из предположения, что все организации, упомянутые в вопросе, имеют форму ООО.
Вопрос 1.
В данном случае, видимо, организация С была присоединена к организации А, а не наоборот, поскольку прекращает свою деятельность именно присоединяемая организация <п.4 ст. 57 ГК РФ>.
Как можно предположить из вопроса, речь идет о конвертации (обмене) долей организации С в доли организации А для целей формирования уставного капитала. Порядок такой конвертации (обмена) определяют участники реорганизуемых организаций в договоре о присоединении <п.3 ст. 53 Закона 08.02.98 № 14-ФЗ, п. 25 Методических указаний, утв. Приказом Минфина России от 20.05.2003 N 44н>.
Доход, полученный участником-физическим лицом от организации в результате конвертации (обмена) долей реорганизуемой организации в доли организации, к которой осуществляется присоединение, в виде дополнительно и (или) взамен полученных долей, НДФЛ не облагается <п.19 ст. 217 НК РФ>. Следовательно, у участников организации А не возникнет облагаемого НДФЛ дохода в результате присоединения к ней организации С.
Вопрос 2.
В случае ликвидации организации А ее участники имеет право на получение только той части имущества (или его стоимости), которая останется после расчетов с кредиторами <п.1 ст. 8 Закона 08.02.98 № 14-ФЗ>.
Доход, полученный участниками-физическими лицами, подлежит обложению НДФЛ. Его должна удержать ликвидируемая организация при выплате дохода участникам <п.1,2, 4 ст. 226 НК РФ>. Однако они имеют право заявить имущественный вычет на сумму документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества (имущественных прав), в том числе <подп.1 п.1 ст. 220 НК РФ>:
(и) на сумму взноса, внесенного в уставный капитал при учреждении организации или при увеличении ее уставного капитала;
(и) на сумму расходов на приобретение или увеличение доли в уставном капитале.
Если такие расходы отсутствуют, то можно заявить вычет в сумме до 250 000 рублей <подп.2 п.2 ст. 220 НК РФ>.
В данном случае участникам для получения вычета придется подтверждать внесение взноса в уставный капитал организации В и переход части этого взноса в уставный капитал организации А. Либо, если налоговики не согласятся с таким подходом, заявлять вычет в сумме 250 000 рублей.
Обращаем внимание, что данный вычет можно применить только в отношении доходов от ликвидации, полученных участниками начиная с 2016 года <п. 2 ст. 2 Закона от 08.06.2015 N 146-ФЗ, письмо Минфина России от 20.11.2015 N 03-04-05/67515>. Для получения вычета участникам-физическим лицам необходимо подать декларацию по форме 3-НДФЛ в налоговый орган по итогам года, в котором получен доход <п.7 ст. 220 НК РФ>.
