Для ответа на ваши вопросы необходимо учитывать, в результате чего возникла переплата.
Ситуация 1. Вы перечислили в бюджет большую, чем требовалось, сумму, однако с доходов работников НДФЛ был удержан верно. В таком случае вы излишне перечислили в бюджет свои собственные деньги, а значит, эта сумма не будет считаться переплатой по НДФЛ, так как за счет средств работодателя платить НДФЛ нельзя (п. 9 ст. 226 НК РФ). Таким образом, переплаченная сумма не может быть автоматически учтена в счет будущих платежей по НДФЛ. Эти средства можно только вернуть как ошибочно перечисленные, представив в налоговую соответствующее заявление (пп. 5 п. 1 ст. 21, п. 6 ст. 78 НК РФ, Письма Минфина от 29.04.2014 N 03-04-05/20252, ФНС от 19.10.2011 N ЕД-3-3/3432@, от 04.07.2011 N ЕД-4-3/10764). При этом заявление о возврате переплаты может быть подано в течение трех лет со дня уплаты этой суммы (п. 7 ст. 78 НК РФ).
В форме 2-НДФЛ эту переплату указывать не нужно, поскольку налог был удержан правильно.
Ситуация 2. Переплата возникла из-за того, что вы удержали с доходов одного (или нескольких) работников большую сумму налога, чем нужно. Тогда излишне удержанную сумму вы должны вернуть этому работнику (п. 1 ст. 231 НК РФ). В течение 10 рабочих дней с момента обнаружения факта излишнего удержания НДФЛ вам нужно сообщить об этом работнику (п. 6 ст. 6.1, абз. 2 п. 1 ст. 231 НК РФ, Письмо Минфина от 16.05.2011 N 03-04-06/6-112 (п. 1)). В свою очередь работнику следует написать вам заявление в произвольной форме на возврат налога (п. 1 ст. 231 НК РФ, Письмо Минфина от 19.10.2012 N 03-04-05/10-1206). Эту сумму вы должны вернуть (на банковский счет) в течение 3-х месяцев после того, как получите заявление (абз. 3-4 п. 1 ст. 231 НК РФ).
Именно такая переплата может быть учтена в счет будущих платежей в автоматическом режиме. Поскольку на сумму возвращенного налога можно уменьшить в будущем сумму НДФЛ, исчисленную с доходов как работника, у которого возникла переплата, так и других физических лиц, получающих доходы от вашей компании (абз. 3 п. 1 ст. 231 НК РФ). При этом представлять в инспекцию заявление о зачете не надо.
Что касается порядка заполнения справки 2-НДФЛ, то все будет зависеть от того, успеете ли вы вернуть деньги работнику до составления справки или нет.
Если вы успеете вернуть деньги, то переплату в справке показывать не нужно. Правильные суммы НДФЛ укажите в строках «Сумма налога исчисленная», «Сумма налога удержанная» и «Сумма налога перечисленная».
Если не успеете, тогда вам нужно пересчитать НДФЛ и его верную сумму поставить по строке «Сумма налога исчисленная». По строкам «Сумма налога удержанная» и «Сумма налога перечисленная» покажите излишне удержанную и перечисленную сумму. А по строке «Сумма налога, излишне удержанная налоговым агентом» укажите сумму получившейся переплаты. После возврата работнику НДФЛ нужно подать в инспекцию уточненную справку 2-НДФЛ (Письмо ФНС от 13.08.2014 N ПА-4-11/15988).
