Можно ли зачесть переплату по НДФЛ или нет, зависит от того, по какой причине возникла эта переплата.
Ситуация 1. Вы уплатили в бюджет большую сумму, чем следовало, при этом НДФЛ с доходов работников был удержан правильно.
Уплата НДФЛ за счет средств работодателя не допускается (п. 9 ст. 226 НК РФ), следовательно, вы просто переплатили в бюджет свои собственные деньги, а значит, эта сумма переплатой по НДФЛ не считается. То есть ее нельзя зачесть в счет уплаты НДФЛ, как впрочем, и любого другого федерального налога. Эти средства можно только вернуть как ошибочно перечисленные, представив в налоговую соответствующее заявление (пп. 5 п. 1 ст. 21, Письма Минфина от 29.04.2014 N 03-04-05/20252, ФНС от 19.10.2011 N ЕД-3-3/3432@, от 04.07.2011 N ЕД-4-3/10764). Вместе с заявлением вы можете в качестве доказательств переплаты представить в инспекцию выписки из регистра налогового учета за соответствующий налоговый период и документы, подтверждающие излишнее перечисление денег.
Условием для начала камеральной проверки является представление в налоговый орган декларации или расчета (п.1, п. 2 ст. 88 НК РФ). Поэтому в вашем случае такая проверка не грозит.
Встречаются случаи, когда налоговики отказывают в возврате НДФЛ, указывая на то, что переплата может быть определена только по результатам проведенной выездной налоговой проверки. Однако суды отклоняют такие доводы инспекторов, если компания представит доказательства излишнего перечисления денежных средств в бюджет (Постановления ФАС МО от 30.04.2014 N Ф05-3657/2014, от 06.03.2014 N Ф05-1184/2014, АС ПО от 02.12.2014 N Ф06-17741/2013).
Ситуация 2. Вы удержали с доходов одного (или нескольких) работников большую сумму налога, чем нужно.
В таком случае эту сумму вы должны работнику вернуть по его заявлению (п. 1 ст. 231 НК РФ). На сумму возвращенного налога можно уменьшить в будущем сумму НДФЛ, исчисленную с доходов как работника, у которого возникла переплата, так и других физических лиц, получающих доходы от вашей компании (абз. 3 п. 1 ст. 231 НК РФ). При этом представлять в инспекцию заявление о зачете от вас не требуется.