Возможны два варианта.
Вариант 1. Выплачивать работнику компенсацию за использование его имущества в служебных целях < ст. 188 ТК РФ >. Для этого нужно:
(и) оформить с работником соглашение об использовании его автомобиля в служебных целях. В соглашении можете указать:
(или) единую сумму компенсации, включающая и компенсацию за износ, и расходы на эксплуатацию авто (например, платная парковка, проезд по платной дороге, мойка, ГСМ);
(или) несколько составных частей компенсации – отдельно сумма за износ и амортизацию, отдельно – за эксплуатацию авто;
(и) составить бухгалтерскую справку-расчет суммы компенсации за использование личного авто за конкретный период, если в соглашении указана не фиксированная сумма компенсации.
При таком варианте сумма фиксированной компенсации не облагается ни НДФЛ, ни страховыми взносами (в том числе "на травматизм") в пределах сумм, предусмотренных соглашением работника и работодателя < п. 3 ст. 217 НК РФ; подп. "и" п. 2 ч. 1 ст. 9 Закона от 24.07.2009 N 212-ФЗ; подп. 2 п. 1 ст. 20.2 Закона от 24.07.98 N 125-ФЗ; Письма Минфина от 27.02.2013 N 03-04-06/5600; Минтруда от 25.07.2014 N 17-3/В-347 >. И никаких ограничений по сумме компенсации, освобождаемой от "зарплатных налогов", в НК РФ не установлено.
Вместе с тем, вы сможете:
(и) лишь в ограниченном размере учесть сумму компенсации при налогообложении прибыли. Например, по легковым автомобилям при рабочем объеме двигателя свыше 2000 куб. см - 1500 руб. < п. 1 Постановления Правительства от 08.02.2002 N 92 >;
(и) не все расходы на эксплуатацию авто освободить от НДФЛ и взносов < Письма Минфина от 23.09.2013 N 03-03-06/1/39239, от 08.08.2012 N 03-04-06/9-228; УФНС по г. Москве от 13.01.2012 N 20-15/001797@ >. В частности, это касается трат работника как автовладельца – на страхование авто, на техосмотр.
Вариант 2. Арендовать у работника авто. Для этого нужно оформить с работником договор аренды его авто без экипажа, в котором можно предусмотреть, что вы:
(или) выплачиваете только арендную плату, включающую, в том числе, все расходы на эксплуатацию машины;
(или) выплачиваете арендную плату и возмещаете расходы по эксплуатации.
Арендную плату и расходы на авто можно учесть при налогообложении прибыли < подп. 10, 49 ст. 264, подп. 1, 3 п. 1 ст. 263, Письма Минфина от 13.12.2010 N 03-03-06/1/773, УФНС по г. Москве от 17.08.2012 N 16-15/076207@ >.
С арендной платы нужно удержать НДФЛ < подп. 4 п. 1 ст. 208, п. 1 ст. 226 НК РФ; Письмо Минфина от 25.12.2012 N 03-04-06/3-366 (п. 1) >. Страховые взносы < ч. 3 ст. 7 Закона от 24.07.2009 N 212-ФЗ > уплачивать не нужно.
С суммы возмещаемых работнику расходов, связанных с эксплуатацией машины (ремонт авто, ГСМ, парковка в командировке), НДФЛ и страховые взносы не уплачиваются < подп. "ж" п. 2 ч. 1 ст. 9 Закона от 24.07.2009 N 212-ФЗ; статьи 41, 209 НК РФ >. Правда, от НДФЛ и взносов не освобождаются те затраты работника, которые возникают у него как у автовладельца.
При любом из вариантов вам нужно < п. 7 Положения о командировках, Письма Минфина от 20.04.2015 N 03-03-06/22368, от 23.09.2013 N 03-03-06/1/39406 >:
(и) взять у работника копию ПТС или регистрационного свидетельства на автомобиль < ст. 188 ТК РФ, Письмо Минфина от 11.04.2013 N 03-04-06/11996 (п. 2) >;
(и) издать приказ о направлении в командировку (форма Т-9 или Т-9а) с указанием, что работник едет туда на личном автомобиле;
(и) оформить путевой лист на автомобиль (например, по форме N 3);
(и) получить от работника по возвращении из командировки авансовый отчет по командировке, дополнительно приложить путевой лист, квитанции или чеки на оплату эксплуатационных расходов, служебную записку с указанием даты выезда в командировку и возвращения из нее < п. 7 Положения о командировках, Письмо Минфина от 20.04.2015 N 03-03-06/22368 >.