Юридическое лицо действует, через свои органы <ч. 1 ст. 53 НК РФ >. От имени юридического без доверенности действует его директор (единоличный исполнительный орган), в том числе при сдаче отчетности <ч. 3 ст. 53 ГК РФ>. Наряду с директором выступать от имени организации может другое лицо, если это предусмотрено его уставом <ч. 1 ст. 53 НК РФ >.
Руководитель субъекта малого предпринимательства может принять ведение бухгалтерского учета на себя, а не возлагать его на главного бухгалтера <ч. 1, 3 ст. 7 Закона от 06.12.2011 N 402-ФЗ>. Бухгалтерская (финансовая) отчетность считается составленной только после подписания ее экземпляра на бумажном носителе директором <ч. 8 ст. 13 Закона от 06.12.2011 N 402-ФЗ>. Следовательно, кроме директора бухгалтерскую отчетность подписывать никто не может.
Поэтому если прежний директор (дочь) не может выполнять обязанности директора, то участникам нужно назначить другого директора.
Но как следует из вопроса, именно бывший директор уполномочен сдавать нулевую отчетность в период приостановки деятельности организации. Поэтому нет смысла назначать кого-то другого директором. Если вы изменения в ЕГРЮЛ по директору не подавали, то просто отмените приказ об увольнении директора, а если подавали, то снова назначьте ее директором и заключите с ней трудовой договор, а также зарегистрируйте изменения в ЕГРЮЛ.
Видимо, вас смущает то, что при отсутствии деятельности директору, который сдает отчетность нужно выплачивать зарплату. Если зарплата не выплачивается с согласия работника, то претензии со стороны контролирующих органов маловероятны, поскольку они вряд ли об этом узнают. Но все же безопаснее установить директору неполное время (хоть 1 час в месяц) <ст. 93 ТК РФ>. Тогда зарплата выплачивается только за отработанное время и не может быть менее суммы рассчитанной из МРОТ пропорционально отработанному времени <ст. 133 ТК РФ>.