Заключая договор ОСАГО, организация страхует свою гражданскую ответственность. Это ее обязанность, поскольку она использует транспортное средство на основании договора аренды (ст.1, п.1 ст. 4 Закона от 25.04.2002 N 40-ФЗ). Следовательно, стоимость полиса (страховая премия) никак не может быть доходом собственника - физического лица для целей исчисления НДФЛ.
Что касается ремонта, то эта обязанность также предусмотрена законом (ст. 644 ГК РФ). Машина должна быть возвращена арендодателю в том состоянии, в котором вы ее получили, с учетом нормального износа (ст. 622 ГК РФ). Таким образом, экономической выгоды в виде стоимости ремонта собственник не получает, оснований для удержания НДФЛ с этой суммы нет. 
Со страховой выплатой в случае ДТП ситуация следующая. Ее действительно получит собственник как потерпевший, несмотря на то, что страхователем является организация.
Таково требование закона, что подтвердил и Верховный суд (ст.1 Закона № 40-ФЗ, п.18 Постановления Пленума ВС РФ от 29.01.2015 N 2). Поэтому обязанность физического лица передать организации такую выплату имеет смысл прописать в договоре аренды. В любом случае источником страховой выплаты будет страховая компания, следовательно, обязанностей налогового агента у организации не возникает (п.2 ст. 226 НК РФ).
Тем не менее, учитывая, что собственник получит и страховую выплату за ДТП, и отремонтированную организацией после этого ДТП машину, мы не исключаем  риск претензий налогового органа о неудержании НДФЛ – либо в части стоимости полиса, либо в части стоимости ремонта.