Если сумма положенных работнику вычетов оказалась больше начисленного дохода, то налоговая база признается равной 0 (п.3 ст.210 НК РФ). 

При заполнении справки 2-НДФЛ необходимо учитывать правило о том, что сумма вычетов, положенных работнику, не должна превышать его сумму дохода (часть V Порядка заполнения 2-НДФЛ, утв. Приказом ФНС от 30.10.2015 N ММВ-7-11/485@). 

В связи с этим с учетом приведенных в вопросе сумм в справке 2-НДФЛ общая сумма дохода за год составит 139899 руб., и общая сумма стандартных вычетов тоже 139899 руб.

В соответствии с указанными цифрами должны быть заполнены и расчеты 6-НДФЛ. В разделе 1 расчета сумма налоговых вычетов (строка 030) также не может превышать сумму начисленного дохода (строка 020), как указано в контрольных соотношениях для 6-НДФЛ (Письмо ФНС от 10.03.2016 N БС-4-11/3852@). 

Если допустить, что в организации только один работник, то в 6-НДФЛ за 9 месяцев должны быть указаны суммы: 

- в строке 020 – 105959 руб.;

- в строке 030 – 105959 руб.; 

- в строке 040 (сумма исчисленного налога) – 0 руб. 

А в расчете 6-НДФЛ за год должны быть указаны суммы: 

- в строке 020 – 139899 руб.;

- в строке 030 – 139899 руб.; 

- в строке 040 – 0 руб. 

Отметим, что в строке 130 раздела 2 расчета 6-НДФЛ сумма дохода указывается без учета предоставленных вычетов.