Как мы поняли из вашего вопроса, сотрудник обращался к вам с заявлением о предоставлении вычета на детей и вы ему их предоставляли. Просто видимо ошибочно по какой-то причине не предоставили вычет в сумме 2800 руб. И как следствие удержали налог в большей сумме. 

Безусловно, в НК предусмотрено, что если в течение года работодатель предоставил детский вычет в меньшем размере, то работник может получить его сам в ИФНС (п. 4 ст. 218 НК РФ). Но в НК есть и другая норма – ст. 231 НК РФ. По ней излишне удержанный налог возвращает работодатель по заявлению работника. И инспекции на местах частенько отправляют работников обратно к работодателям. 

Поэтому вы можете сами вернуть излишне удержанный НДФЛ работнику. 

В этом случае вы обязаны в течение 10 дней со дня, когда обнаружили излишнее удержание НДФЛ, сообщить об этом работнику (п. 1 ст. 231 НК РФ). Работник должен написать заявление о возврате этого налога. А вы в течение 3-х месяцев со дня получения этого заявления должны вернуть деньги на счет работника в банке. То есть возвращать наличными или засчитывать этот налог в счет предстоящих платежей нельзя. 

ФНС разъясняет, что при возврате в 2017 году налога, который был излишне удержан у работника в прошлом году, нужно действовать так (Письма ФНС от 14.11.2016  БС-4-11/21536@, от 26.10.2016 № БС-4-11/20366@):

- сумму возвращенного налога указать по строке 090 раздела 1 расчета 6-НДФЛ в том отчетном периоде, в котором вы перечислите деньги на банковский счет работника;

- представить в ИФНС корректирующую справку 2-НДФЛ за 2016 год без каких-либо задолженностей. 

А это означает, что вам изначально все-таки нужно сдать в ИФНС справку 2-НДФЛ, в которой  указана сумма излишне удержанного налога. А потом уже корректирующую справку без этой суммы. В корректирующей справке все суммы НДФЛ – исчисленная, удержанная и перечисленная должны быть равны.