1. В разделе 1 формы 6-НДФЛ нарастающим итогом с начала года приводят данные о суммах начисленного дохода, исчисленного и удержанного НДФЛ <п. 3.1 Порядка заполнения, утв. Приказом ФНС от 14.10.2015 № ММВ-7-11/450>. При этом период, за который выплачен доход, определяется по дате фактического получения дохода <Письмо ФНС от 01.08.2016 № БС-4-11/13984@ (вопрос 12)>.
Таким образом, выплаченные в декабре 2016 года отпускные за январь 2017 года – доход декабря 2016 года. И отражать его необходимо в разделе 1 формы 6-НДФЛ за 2016 год.
НДФЛ с отпускных за январь 2017 года, выплаченных в декабре 2016 года, нужно перечислить не позднее 31.12.2016. Но поскольку это суббота, то срок перечисления переносится на 09.01.2017. То есть на другой налоговый период. В такой ситуации суммы отпускных нужно указывать в разделе 2 формы 6-НДФЛ за 1 квартал 2017 года. А в отчете за 2016 год в разделе 2 данные о выплате отпускных и о перечислении с них НДФЛ показывать не нужно <Письмо ФНС от 02.11.2016 № БС-4-11/20829>.
2. В соответствии с п.2 ст.230 НК РФ налоговые агенты, имеющие обособленные подразделения, представляют справки по форме 2-НДФЛ и расчет по форме 6-НДФЛ, в отношении работников этих обособленных подразделений в налоговый орган по месту учета таких обособленных подразделений.
Это значит, что за 2016 год отчетность по НДФЛ представляется по месту нахождения организации с указанием ОКТМО и КПП по основному месту нахождения в отношении работников головной организации и без учета показателей по работникам обособленного подразделения (за декабрь).
В отношении же работников обособленных подразделений отчетность за 2016 год по НДФЛ представляется по месту нахождения каждого обособленного подразделения с указанием ОКТМО и КПП этого обособленного подразделения (Письмо ФНС от 27.12.2016 № БС-4-11/25114@). В этих отчетах в отношении работников обособленных подразделений информация по таким работникам приводится только с момента их приема (перевода) в такое обособленное подразделение.
3. Даже если НДФЛ был исчислен и удержан в декабре 2016 года, а перечислен в январе 2017 года, сумма перечисленного налога в 2-НДФЛ за 2016 г. должна включать в себя НДФЛ, исчисленный с декабрьской зарплаты (Письма ФНС от 03.02.2012 N ЕД-4-3/1692@, от 02.03.2015 N БС-4-11/3283). Следовательно, в данном случае суммы исчисленного, удержанного и перечисленного налога в 2-НДФЛ должны быть одинаковыми.
4. По вашему последнему вопросу смотрите ответ на вопрос «Связь между 2-НДФЛ и 6-НДФЛ».