Действительно, перечень прямых расходов компания определяет самостоятельно, закрепляя свой выбор в учетной политике для целей налогообложения <п.1 ст. 318 НК РФ>.
Однако, по мнению налоговиков, распределение расходов на прямые и косвенные должно быть экономически оправдано и обосновано технологическим процессом. Причем организация может отнести отдельные затраты к косвенным расходам, только когда нет реальной возможности включить их в состав прямых расходов <Письма Минфина от 13.03.2017 N 03-03-06/1/13785, от 19.05.2014 N 03-03-РЗ/23603, ФНС от 24.02.2011 N КЕ-4-3/2952@>.
Что касается субподрядных работ, то затраты на них налоговики квалифицируют именно как прямые расходы <Письма УФНС по г. Москве от 03.09.2012 N 16-15/082396@, ФНС от 28.12.2010 N ШС-37-3/18723@>.
Заметим, что многие арбитры разделяют точку зрения налоговиков <Постановления АС СЗО от 21.04.2017 N Ф07-2507/2017, АС ЗСО от 23.05.2016 N Ф04-1219/2016, от 15.09.2015 N Ф04-23360/2015, Определение ВАС от 13.05.2010 N ВАС-5306/10>. Поэтому, если у вас субподрядные работы непосредственно связаны производственным процессом, то шансы отстоять свою позицию в суде у вас невелики.