При проведении камеральной проверки налоговики могут потребовать пояснения в строго определенных случаях. Например, если в декларации выявлены ошибки или противоречия, подана уточненка с уменьшенной суммой налога и т.д. <п. 3 ст. 89 НК РФ>. То, что по декларации компании доля вычетов (как мы поняли, речь идет об этом) выше средней по региону, не является основанием для истребования пояснений в рамках камеральной проверки. 

То есть посылать вам требование о представлении пояснений по форме, утвержденной приказом ФНС от 08.05.2015 № ММВ-7-2/189@, инспекция не имела права. На такое требование можно ответить мотивированным отказом. Или вы можете сообщить, что ошибок в декларации нет <Письмо ФНС от 06.11.2015 № ЕД-4-15/19395 (п. 5)>. Такой ответ или мотивированный отказ от дачи пояснений отправьте налоговикам по ТКС по утвержденному ФНС формату. В любом случае привлекать вас к ответственности за непредставление пояснений по ст. 129.1 НК РФ налоговики не должны.

Вместе с тем отметим, что запросить у компании пояснения о высокой удельной доле НДС-вычетов могут вне рамок налоговой проверки. Если за 12 месяцев (то есть за 4 последних квартала) доля вычетов по НДС равна или превышает 89% от суммы начисленного налога, это может стать поводом для включения компании в план выездных проверок <п. 3 приложения № 2 к Приказу ФНС от 30.05.2007 № ММ-3-06/333@>. 

При этом налоговики ориентируются и на среднюю долю вычетов по региону, которая рассчитывается по данным ежеквартального отчета 1-НДС. Региональный уровень вычетов может быть выше или ниже 89%. 

Если налоговики проинформируют компанию о высокой доле вычетов, но не дождутся пояснений или уточненных деклараций, следующим шагом может стать направление организации уведомления о вызове для дачи пояснений <приложение № 2 к приказу ФНС от 08.05.2015 № ММВ-7-2/189@>. За неявку руководителя организации могут оштрафовать на сумму от 2000 до 4000 руб. <ч. 1 ст. 19.4 КоАП РФ>. И, как вы понимаете, в дальнейшем ваша компания может стать реальным претендентом на выездную проверку.

С учетом этого, если вы не намерены вступать в споры с налоговиками, можете подготовить пояснения по существу, например, объяснив высокий удельный вес НДС-вычетов экономическими причинами. Образец таких пояснений в ситуации, когда налоговики направляли компании соответствующее информационное письмо вне рамок проверки, есть в статье «Готовим пояснения в ИФНС о снижении налоговой нагрузки и высокой доле НДС-вычетов», опубликованной в ГК, 2015, № 20, с. 87.