Как мы поняли, вас интересует представление пояснений, затребованных ИФНС в рамках камеральной проверки. 

Возможность представления пояснений на бумажном носителе зависит от вида проверяемого налога.

1) Пояснения по НДС-декларации надо направлять:

- только по телекоммуникационным каналам связи через оператора электронного документооборота,

- желательно - в соответствии с утвержденным форматом <Приказ ФНС от 16.12.2016 N ММВ-7-15/682@, Письмо ФНС от 27.01.2017 N ЕД-4-15/1443>. Сейчас сделать это довольно просто: в программе оператора ЭДО надо нажать на кнопку «Ответить на требование». Автоматически откроется форма, предложенная налоговой службой для заполнения. Вбиваете в нее требуемые данные и отсылаете в налоговую.

Помимо пояснений можно дополнительно представить инспекции документы (скан-образы), подтверждающие достоверность данных, внесенных в декларацию <п. 4 ст. 88 НК РФ>.

Если же вы подадите пояснения на бумаге, в канцелярии инспекции у вас могут их принять, поставить на вашем экземпляре отметку о принятии. Но сами пояснения будут считаться не представленными <п. 3 ст. 88 НК РФ>. Значит, вашу организацию оштрафуют на 5 000 руб. А за повторное нарушение в течение календарного года штраф вырастет до 20 000 руб. < п. 1, 2 ст. 129.1 НК РФ>.

2) Пояснения, затребованные в рамках камеральной проверки декларации по иным налогам, можно представить:

- на бумаге. Причем сделать это можно как лично (передать инспектору или в канцелярию), так и по почте;

- в электронном виде. 

Такие пояснения можно составить в произвольной форме. К ним можно приложить или позже дополнительно представить в инспекцию выписки из регистров налогового, бухгалтерского учета и иные документы (п. 4 ст. 88 НК РФ).

Напомним, что на представление пояснений Налоговый кодекс отводит пять рабочих дней <п. 6 ст. 6.1, п. 3 ст. 88 НК РФ>.