Размер минимальной зарплаты в субъекте РФ не может быть ниже МРОТ, установленного федеральным законом (с 1 января 2018 г. это 9 489 руб. в месяц) <ст. 1 Закона от 19.06.200 № 82-ФЗ; ст. 133.1 ТК РФ>. При этом месячная зарплата работника не может быть ниже МРОТ, если он полностью отработал месячную норму рабочего времени и выполнил нормы труда (трудовые обязанности) <ст. 133 ТК РФ>. 

Таким образом, зарплата сотрудника может быть ниже МРОТ, если он, к примеру, работал на условиях неполного рабочего времени, брал отпуск за свой счет, имел прогул, простой или брак в работе по своей вине <ст. 93, 155-157 ТК РФ>.

Кроме того, не забывайте, что из начисленной зарплаты при ее выплате удерживается НДФЛ. Поэтому, к примеру, если зарплата начислена вровень с МРОТ, то сумма на руки, оставшаяся после удержания налога, будет меньше законного минимума. 

Если же работник и месячную норму рабочего времени отработал, и нормы труда (трудовые обязанности) при этом выполнил, то начисление ему зарплаты ниже федерального МРОТ незаконна. Работник может пожаловаться на нарушение в Роструд.