Любые северные гарантии применяются в зависимости от места выполнения работником трудовой функции, а не от места нахождения работодателя <ст. 316 ТК РФ, ст. 10 Закона РФ от 19.02.93 N 4520-1, Раздел 1 Обзора, утв. Президиумом ВС РФ 26.02.2014, письмо Роструда от 15.01.2016 N ТЗ/23333-6-1>. 

Дополнительный  оплачиваемый отпуск продолжительностью 16 календарных дней полагается только лицам, работающих в местностях, приравненных к районам Крайнего Севера (ст. 321 ТК РФ). Поэтому если вы выплачиваете компенсацию за период рабочего года, в течение которого работник трудился только в Московской области, то исходите из общеустановленной продолжительности ежегодного отпуска в 28 календарных дней за год (ст. 115 ТК РФ). Если же часть рабочего года пришлась на период работы в Сыктывкаре, то нужно посчитать компенсацию за эту часть отдельно, исходя из того, что работнику полагается 44 календарных дня отпуска за год. А потом суммировать результаты.