Из вопроса не ясно, что является причиной излишнего начисления зарплаты. Удерживать с работника деньги без заявления (или иного его волеизъявления в отношении такого удержания) рискованно. 

Излишне выплаченная работнику зарплата (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права) не может быть с него взыскана, за исключением случаев <ч. 4 ст. 137 ТК РФ>:

- счетной ошибки. При этом под счетной понимается исключительно арифметическая ошибка, то есть допущенная в действиях, связанных с подсчетом <Письмо Роструда от 01.10.2012 № 1286-6-1, Определение ВС от 20.01.2012 № 59-В11-17>. А вот выплата одной и той же суммы дважды, излишняя выплата из-за применения не того тарифа, оклада, коэффициента, из-за ошибки в платежном поручении или сбоя в бухгалтерской программе не будет признаваться счетной;

- признания вины работника в невыполнении норм труда органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров;

- излишней выплаты в связи с неправомерными действиями работника, установленными судом.

Других оснований для удержания или взыскания излишне выплаченной зарплаты нет. 

В любом случае сначала нужно письменно уведомить работника об излишней выплате. Если он готов вернуть деньги, то он может, например, отметить в уведомлении, что согласен:

(или) на внесение денег в кассу наличными;

(или) на удержание излишне выплаченной суммы из зарплаты при последующей выплате (выплатах, если сумма значительная).

Если же работник не хочет возвращать излишне выплаченную зарплату, а вы удержите с него деньги без его согласия, то он может обратиться в суд. И суд, скорее всего, будет на стороне работника, если только вы не докажете, что причиной излишней выплаты зарплаты стали недобросовестные действия самого работника или та же счетная ошибка <см., например, Апелляционные определения Санкт-Петербургского горсуда от 24.05.2017 № 33-10371/2017, от 20.10.2014 № 33-16724/2014>.