При расчете среднего заработка для отпускных вы должны учесть, в том числе, и выплаты в виде районного коэффициента <подп. «л» п. 2 Положения, утв. Постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 N 922>. При этом средний месячный заработок работника, отработавшего полностью в расчетный период норму рабочего времени и выполнившего трудовые обязанности, должен быть не меньше федерального МРОТ (сейчас он составляет 11 163 руб.) <п. 18 Положения, утв. Постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 N 922>. 

Для работника, идущего в отпуск с 05.06.2018, расчетный период – с 01.06.2017 по 31.05.2018. За этот период для среднего заработка вы берете фактически начисленные работнику суммы.

Оснований проиндексировать прошлые выплаты у вас нет, такое правило применяется, только если было повышение окладов в целом по организации <п. 16 Положения № 922>.

Однако если вы ошибочно не применяли в 2017 году районный коэффициент к МРОТ, средний заработок безопаснее рассчитать исходя из сумм, равных МРОТ х 1,3.