В бухучете надо будет оформлять стандартные операции по начислению арендной платы за пользование автомобилем работника. К примеру, Дебет счета 20 (44) – Кредит счета 73-«Аренда».
Далее надо будет оформлять зачет взаимных требований: начисленная, но не выплаченная арендная плата (уменьшенная на сумму НДФЛ) будет уменьшать долг работника по договору купли-продажи автомобиля. Это может быть оформлено такими проводками:
Дебет счета 73-«Аренда» – Кредит счета 68-«Расчеты по НДФЛ» – удержание НДФЛ с арендной платы при оформлении зачета взаимных требований,
Дебет счета 73-«Аренда» – Кредит счета 73-«Продажа авто».
Условие о зачете взаимных требований можно включить в текст ежемесячных актов по договору аренды.