Порядок вычета НДС, начисленного при получении аванса, в такой ситуации не урегулирован НК РФ. Какие-либо разъяснения по этому поводу ФНС и Минфин не выпускали.
Однако проблемы, возникающие в вашей ситуации, по сути, схожи с теми, которые появляются в случае, когда аванс, при получении которого налог был рассчитан по ставке 18%, впоследствии засчитывается в счет оплаты отгруженных товаров, облагаемых по ставке 10%. Выходом из этой ситуации является внесение исправлений в периоде получения аванса: налог с аванса нужно рассчитать таким образом, как будто уже на дату его получения было известно, что в счет аванса будут отгружены товары по ставке 10%. При этом излишне перечисленную сумму НДС можно зачесть или вернуть по правилам ст. 78 НК РФ <Письмо Минфина от 08.11.2012 № 03-07-07/115>. Вы можете, на наш взгляд, поступить аналогичным образом.
Сложности, с которыми вы столкнетесь, продемонстрируем на примере. Предположим, что вы в 2019 году получили аванс в размере 12 000 руб., и исчислили с него НДС по ставке 20/120, равный 2000 руб. Вы собираетесь направить деньги, полученные как аванс, на погашение возникшей в результате корректировки задолженности покупателя за товары, реализованные в 2018 году с применением ставки 18%. И за счет этого вы закроете задолженность покупателя на сумму 12 000 руб., в том числе НДС – 1830,51 руб.
Право на вычет суммы авансового НДС возникает у поставщика с даты отгрузки товаров в размере налога, исчисленного со стоимости отгруженных товаров, в оплату которых подлежат зачету суммы ранее полученной оплаты <п. 8 ст. 171, п. 6 ст. 172 НК РФ; Определение ВС от 21.08.2018 № 310-КГ18-11870>. Поскольку товары уже отгружены, применить вычет авансового НДС можно на момент зачета аванса. Но принять к вычету вы вправе сумму авансового НДС в размере 1830,51 руб. В то время как начислили к уплате налог, равный 2000 руб. То есть применить вычет на сумму НДС, равную 169,49 руб., не получится.
Однако после принятия решения о зачете аванса в счет возникшего долга за уже отгруженные товары становится очевидно, что поступившая сумма перестает быть авансом. А значит, вам нужно исправить ранее выставленный счет-фактуру на аванс, если не вся его сумма пойдет на доплату за товары, отгруженные в 2018 году. В исправленном счете-фактуре укажите только сумму, которую не засчитываете в счет доплаты, то есть ту, которая остается авансом. А если вся сумма, учтенная как аванс, пойдет на доплату за прошлогоднюю поставку, вовсе отмените ранее выставленный авансовый счет-фактуру.
Возможно, потребуется подать уточненную декларацию, если получение аванса и зачет его суммы в счет погашения долга покупателя за ранее отгруженные товары произойдут в разных налоговых периодах. Налог с аванса, который окажется излишне уплаченным, вы сможете зачесть (вернуть).