Плательщикам ЕСХН надо подготовиться к переходу на НДС: настроить учетную программу, внести изменения в долгосрочные договоры, уведомить покупателей.

В качестве переходных положений для плательщиков ЕСХН установлено, что входной НДС по товарам, работам, услугам (а также уплаченный при ввозе товаров в Россию), который до 01.01.2019 не был учтен в налоговых расходах, надо учесть в стоимости товаров, работ, услуг, основных средств и нематериальных активов <ч.4 ст.8  Закона от 27.11.2017 N 335-ФЗ, Письмо Минфина от 07.02.2018 N 03-07-11/7258>.

Поскольку в 2018 г. плательщики ЕСХН еще не являются плательщиками НДС, то с авансов, получаемых в 2018 году под поставки 2019 г., не требуется начислять НДС. Но учтите, что во избежание проблем с проверяющими лучше, чтобы покупатель не указывал сумму НДС в платежке. 

При отгрузке товара в 2019 г. надо будет исчислять НДС по ставке 20% или 10% (в зависимости от вида товара) <п.1, 2 ст.164 НК РФ>. Поскольку НДС с авансов, полученных в 2018 г., не начислялся, то и принимать к вычету вам нечего.