На основании Приказа ФНС <от 22.10.2018 N ММВ-7-20/605@> с 01.01.2019 во всех кассовых чеках ставка НДС должна быть указана в размере 20% или 20/120. 

Однако эта ставка применяется по товарам, отгруженным с 01.01.2019 г. и позднее <подп. "в" п. 3 ст. 1, п. 4 ст. 5 Закона от 03.08.2018 N 303-ФЗ>. Если отгрузка произошла в 2018 г., то на такую операцию новая ставка не распространяется. Реализация этих товаров облагается НДС по ставке 18%. Причем ставка НДС не поменяется, даже если товары будут оплачены в 2019 г. А значит, по-хорошему, ставка НДС 18% должна быть и в кассовом чеке.

Вот как эту ситуацию нам прокомментировала специалист ФНС Куковская Ю.А.: 

«В кассовом чеке должна быть ставка НДС 20%, независимо от реквизита «признака расчета» (письмо ФНС от 03.10.2018 № ЕД-4-20/19309@, Приказ ФНС от 22.10.2018 N ММВ-7-20/605@).

Вместе с тем, организации или индивидуальные предприниматели обязаны правильно исчислить НДС по соответствующей ставке. В частности, при возврате товаров в 2019, купленных в 2018 по ставке НДС 18%, в книге покупок регистрируется корректировочный сводный документ, содержащий суммарные (сводные) данные по таким операциям возврата, совершенным в течение календарного месяца (квартала), независимо от показаний контрольно-кассовой техники (письмо ФНС России от 23.10.2018 № СД-4-3/20667@).

В настоящее время ФНС России рассматривается возможность освобождения от административной ответственности пользователей контрольно-кассовой техники, которые не успели поменять перепрошивку и (или) указывают в кассовых чеках ставку НДС 18%.»

То есть, исходя из этих разъяснений, ставка НДС 18% в чеке - вне закона, хотя расчет НДС и производится по ней.