Если прямо следовать нормам НК, то выставлять корректировочный счет-фактуру в случае получения дополнительных сумм авансов в связи с изменением стоимости договора продавец не обязан. Ведь товары (работы, услуги) еще не реализованы.

Это значит, что полученную доплату продавец может рассматривать как получение нового авансового платежа и выставить на него самостоятельный авансовый счет-фактуру.

Однако можно пойти и по пути, рекомендованному ФНС в п.1.1 Письма от 23.10.2018 № СД-4-3/20667@: составить КСФ в случае, если до даты отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг, передачи имущественных прав) покупатель дополнительно к оплате, частичной оплате, перечисленной до 01.01.2019, в счет предстоящих поставок с 01.01.2019 доплатит продавцу сумму НДС в размере 2-х процентных пунктов в связи с изменением ставки НДС с 18% до 20%. 

Данное письмо согласовано с Минфином, а также доведено ФНС до нижестоящих налоговых органов и налогоплательщиков. Поэтому руководствоваться рекомендациями, закрепленными в нем, вполне безопасно, если речь идет о договорах переходного периода.