Каких-либо особенностей для НКО в Трудовом кодексе нет, трудовой договор с работником НКО оформляется по общим правилам.  

Но если вы заключите трудовой договор, то зарплату придется платить два раза в месяц (ст. 136 ТК РФ). В противном случае вы можете быть привлечены к административной, а  при определенных обстоятельствах и  к уголовной ответственности (ч.6 ст. 5.27 КоАП РФ, ст. 145.1 УК РФ).

Проблему неравномерного поступления денег в НКО можно решить следующими способами:

(или) оформить работника на ту сумму, выплату которой ежемесячно вы можете обеспечить (например, на 1/10 минимальной зарплаты), а при поступлении средств выписывать работнику премии;

(или) при отсутствии средств оформлять отпуска за свой счет на необходимое количество дней по заявлению работника;

(или) оформлять с данным лицом гражданско-правовые договоры на оказание каких-либо услуг (выполнение каких-либо работ) под разовые выплаты.