Взаимозачет между организацией и физлицом
По разъяснениям, полученными нами от специалиста ФНС, налоговая служба относит зачет встречных требований к получению иного встречного предоставления, которое с 01.07.2019 требует применения ККТ (см. ГК 2019 № 15 с. 71). При этом под ККТ подпадает получение иного встречного предоставления только за товары, работы, услуги <абз. 26 ст. 1.1 Закона № 54-ФЗ, п. 4 ст. 4 Закона от 03.07.2018 № 192-ФЗ>. 
Таким образом, нужно смотреть, какая задолженность физлица перед вашей организацией погашена в результате взаимозачета.
Ситуация 1.  Это задолженность за приобретенные у вашей организации товары (работы, услуги). Вы должны применять ККТ как продавец этих товаров. Например, ваша организация продала учредителю ОС – автомобиль. При этом у неё существует какой-то долг перед учредителем. И этот долг зачтен в счет оплаты автомобиля. Если передача автомобиля в собственность директора и зачет состоялись в один день, нужно выбить один чек: признак расчета – «приход», признак способа расчета – «полный расчет» (рекомендуется), сумма по чеку – «встречным предоставлением».
Если же организация сначала передает автомобиль, а взаимозачет происходит позже, то нужно выбить два чека:
– при передаче  автомобиля учредителю. Признак расчета – «приход», признак способа расчета «передача в кредит», сумма по чеку  «постоплатой»;
– на дату подписания акта взаимозачета. Признак расчета «приход», признак способа расчета «оплата  кредита», сумма по чеку – «встречным предоставлением»;
Ситуация 2. Зачетом погашена задолженность физлица, не связанная с приобретением у вашей организации ее товаров, работ, услуг. Выбивать чек на зачет вы не должны. Например, организация арендует имущество у директора, которому ранее предоставила заём на личные нужды. Арендная плата ежемесячно зачитывается в счет погашения займа. Применять ККТ на даты зачета организация не должна, т.к. в целях применения ККТ не является продавцом  товаров, работ, услуг ни по одному из зачитываемых обязательств <п. 1 ст. 4.3, п. 2 ст. 1.2 Закона N 54-ФЗ, Письмо ФНС от 14.08.2018 N АС-4-20/15707>.
Вместе с тем, по нашему мнению, отнесение взаимозачета к требующим ККТ расчетам можно поставить под вопрос. Встречное предоставление – это то, что одна сторона договора в соответствии с его условиями должна сделать для другой стороны <п. 1 ст. 328 ГК>. Например, за получение в собственность товара покупатель должен передать продавцу определенную сумму. Ее уплата и есть встречное предоставление за товар. Взаимозачет же приводит к тому, что продавец предусмотренное договором встречное предоставление не получает <ст. 410 ГК>. Прекращения обязательств в результате взаимозачета в определении ККТ-расчетов нет <абз. 26 ст. 1.1 Закона № 54-ФЗ>. Однако следовать этому подходу можно, только если вы готовы спорить с налоговыми органами, причем неизвестно, найдет ли он поддержку в суде.

Взаимозачет между организациями и / или ИП
При проведении расчетов между организациями и/или ИП разрешено не применять ККТ, только если это заочный безналичный расчет <п. 9 ст. 2 Закона № 54-ФЗ>. Безналичный – это такой, который происходит при участии банка или иной кредитной организации <п. 3 ст. 861 ГК>. Поэтому иное встречное предоставление к безналичным расчетам не относится. И формально получается, что при его получении от другой организации / ИП применение ККТ с 01.07.2019 обязательно.
Однако специалист ФНС так разъяснила нам позицию налоговой службы (см. ГК 2019 № 15 с. 71, 2019 № 16 с. 59):
– сам по себе зачет встречных требований относится к расчетам иным встречным предоставлением;
– ФНС не станет настаивать на применении ККТ по взаимозачетам между организациями / ИП, поскольку они не предполагают расчетов наличными или корпоративной картой. Сейчас налоговая служба готовит соответствующие официальные разъяснения.

Подробно вопросы применения ККТ при неденежных расчетах были разобраны в ГК 2019 № 15 с. 69 и с. 78, 2019 № 16 с. 59.