Чеки при частичной оплате юрлиц

Ваша ситуация не очень ясна. Будем исходить из того, что вы отгрузили товар, а потом получаете оплату от компаний-покупателей несколькими частями в наличной форме или с предъявлением карты. 
В таком случае надо выбивать чек при отгрузке (признак способа расчета – «Передача в кредит»), затем при каждой оплате (признак способа расчета – «Оплата кредита») (таблица 28 Приложения 2 к приказу ФНС от 21.03.2017 N ММВ-7-20/229@).