Закрытие суммы аванса – это зачет предварительной оплаты. С 01.07.2019 такая операция включена в понятие «расчеты» для целей закона о ККТ, поэтому нужен чек (ст.1.1 Закон от 22.05.2003 N 54-ФЗ). Что касается ст. 410 ГК РФ, то она регулирует другую ситуацию - зачет встречных однородных требований двух сторон.              
Таким образом, если ваш договор аренды предусматривает предварительное внесение арендной платы, а начисляете вы ее в конце месяца, то кассовых чека должно быть два:
1) при получении денег. При этом обязательно указывается признак способа расчетов «Предоплата 100%» (тег 1214) (таблица 28 Приложения № 2 к приказу ФНС от 21.03.2017 N ММВ-7-20/229@, Письма Минфина от 14.06.2017 N 03-01-15/36865, ФНС от 20.02.2019 N ЕД-4-20/2929@);
2) при начислении арендной платы. Признак способа расчетов – «Полный расчет», вот его как раз указывать необязательно (примечание 15 к Таблице 20 Приложения № 2 к приказу ФНС от 21.03.2017 N ММВ-7-20/229@). В сумме расчета по чеку покажите, что оплата прошла не наличными или безналичными, а зачетом предоплаты.