Организация может не применять ККТ при выплате по договорам аренды с физлицами платы в наличной или безналичной форме. Поскольку в данном случае организация выступает клиентом <Письмо Минфина от 25.07.2018 N 03-01-15/52265>. То есть услуги ей оказывают физлица, у которых, в свою очередь, нет обязанности применять ККТ <п. 1 ст. 1.2 Закона № 54-ФЗ>.

А вот когда организация в натуральной форме расплачивается за аренду участков (в данном случае – зерном), то, по сути, происходит взаимозачет. Организация фактически продает физлицам зерно в обмен на услуги по аренде. И тогда организация должна применять ККТ, но только по своей реализации <п. 1 ст. 4.2, п. 2 ст. 1.2 Закона № 54-ФЗ>. 

Если организация сначала получает услуги по аренде, а потом передает физлицу зерно, нужны два чека:

- при передаче зерна – чек с признаком расчета "приход", признаком способа расчета "передача в кредит", сумма по чеку - "встречным предоставлением";

- при последующем подписании акта зачета долга по оплате зерна в счет долга по оплате аренды – чек с признаком расчета "приход", признаком способа расчета "оплата кредита", сумма по чеку "встречным предоставлением".

Если же передача зерна и подписание акта зачета происходят одновременно, то чек только один: признак расчета "приход", признак способа расчета "полный расчет" (рекомендуется), сумма по чеку "встречным предоставлением".

Но хотим заметить, что если передача организацией зерна за услуги аренды - это отступное (есть отдельное соглашение между сторонами, что арендатор вместо денег отдаст физилицу-арендодателю зерно), тогда ККТ применять не надо. Здесь действует общее правило: чек формируется продавцом, а не покупателем.