Если вы приобретаете у иностранной компании электронные услуги, которые оказаны автоматизированно через Интернет и перечислены в п. 1 ст. 174.2 НК РФ, то НДС должна уплачивать иностранная компания <п.3 ст.174.2 НК РФ>.
Если вам предоставлены по лицензионному договору права на программы для ЭВМ и базы данных, то такие электронные услуги освобождаются от НДС <подп. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ>. В связи с чем иностранная компания должна отразить эту операцию (в качестве необлагаемой) в разделе 3 декларации по НДС для иностранных организаций <утв. Приказом ФНС от 30.11.2016 N ММВ-7-3/646@>, которую она предоставляет при оказании электронных услуг.
В случае если российский покупатель исчислил и уплатил НДС в бюджет и принял  этот налог к вычету (включил в стоимость приобретенных прав или расходы), то перерасчеты налоговых обязательств у покупателя не производятся.
При этом иностранная компания не должна будет ни повторно уплачивать НДС в российский бюджет, ни отражать такую операцию в НДС-декларации. Если иных НДС-операций у нее не будет, то иностранная компания должна будет подать НДС-декларацию с нулевыми значениями <Письмо ФНС от 24.04.2019 N СД-4-3/7937@>.