В указанном случае продавец должен выставить покупателю корректировочный счет-фактуру не позднее 5 календарных дней считая со дня составления первичного документа, подтверждающего согласие (факт уведомления) покупателя на изменение стоимости отгруженных товаров в сторону уменьшения <п. 3 ст. 168, п. 10 ст. 172 НК РФ>. В этом корректировочном счете-фактуре надо указать разницу между суммами НДС, исчисленными до и после предоставления скидки (изменения стоимости отгруженных товаров) <пп. 13 п. 5.2 ст. 169 НК РФ, пп. "у" п. 2 Правил заполнения корректировочного счета-фактуры, утв. Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137>. Эту разницу продавец принимает к вычету <п. п. 1, 2 ст. 169, п. 13 ст. 171 НК РФ>.    
Корректировочный счет-фактуру на уменьшение стоимости товара надо отразить в книге покупок <п. 12 Правил ведения книги покупок, утв. Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137>. А затем данные этого корректировочного счета-фактуры надо <п. п. 38.13, 45.4 Порядка заполнения декларации по НДС, утв. Приказом ФНС от 29.10.2014 N ММВ-7-3/558@>:
- перенести из книги покупок в раздел 8 декларации по НДС в общем порядке;
- включить в строку 120 раздела 3 декларации по НДС вместе с другими вычетами.