Разъяснения, данные в приведенном письме ФНС, являются ответом на частный запрос и касаются конкретной ситуации – когда приобретенное банком имущество реализуется до начала его использования банком (Письмо ФНС от 15.05.2019 N СД-4-3/9072). В них не рассматривался вопрос переоценки реализуемого имущества.
По общему правилу при реализации имущества, подлежащего учету по стоимости с учетом уплаченного налога, налоговая база по НДС определяется как разница между ценой реализуемого имущества (с учетом НДС) и стоимостью реализуемого имущества (остаточной стоимостью с учетом переоценок) <п.3 ст.154 НК РФ>. Учетную стоимость реализуемого имущества (остаточную стоимость с учетом переоценок), сформированную с учетом НДС, следует определять на основании данных бухучета <Письмо Минфина от 01.08.2016 N 03-07-05/44944>.
К примеру, основное средство, учтенное вместе с НДС, было приобретено за 118 руб. (включая НДС – 18 руб.). Его остаточная стоимость на дату продажи с учетом переоценки составляет  80 руб. (без учета переоценки - 59 руб.). Цена реализации данного актива покупателю – 180 руб. с учетом НДС.
В таком случае налоговая база по НДС, определяется так: из продажной цены с учетом НДС вычитаем остаточную стоимость основного средства с учетом переоценки (180 руб. – 80 руб. = 100 руб.).
Сумма НДС, предъявляемая покупателю, - 16,67 руб. (100 руб. x 20/120).
Графы 5-9 счета-фактуры надо заполнять так <Письмо ФНС от 28.06.2005 N 03-1-03/1114/13@, Постановление Президиума ВАС РФ от 08.11.2011 N 6889/11>:
- в графе 9 счета-фактуры  надо указать продажную цена актива с учетом налога - 180 руб.,
– в графе 8 счета-фактуры – исчисленную сумму НДС. В нашем примере – 16,67 руб.,
- в графе 7 – налоговую ставку 20/120 с пометкой "с межценовой разницы",
- в графе 5 – налоговую базу в виде межценовой разницы. В нашем примере - 100 руб.