Вычет НДС при импорте по заявлению о косвенных налогах

Здравствуйте. К сожалению, инспекция права в описанной вами ситуации. НДС, который вы уплатили при ввозе товаров из ЕАЭС,можно принять к вычету после того, как налоговый орган подтвердил уплату налога (п. 26 Протокола о взимании косвенных налогов в рамках ЕАЭС). По мнению Минфина, заявление о ввозе товаров с отметками налоговой инспекции можно зарегистрировать в книге покупок не ранее  квартала, в котором инспекция подтвердила уплату налога (п. 1 ст. 172 НК РФ, п. 1, пп. "е" п. 6 Правил ведения книги покупок, Письмо Минфина России от 02.07.2015 N 03-07-13/1/38180). В вашем случае это четвертый квартал 2019 г.