Насчёт отпуска Минтруд написал так, цитируем: "Если работник находится в отпуске, то нерабочие дни с 30 марта по 3 апреля 2020 года в число дней отпуска не включаются и отпуск на эти дни не продлевается".

Эту фразу можно понять двояко. Вот варианты.

1. Сотрудник был в отпуске, в отпуск вошла нерабочая неделя, дни отдыха не продлеваем, оплату не пересчитываем. Человек должен приступить к работе 6 апреля.

2. Дни отпуска, которые совпали с нерабочей неделей, не считаются отпуском. Если отпускные уже выплатили, их надо пересчитать: за нерабочую неделю начислить сохраненную зарплату, а отпускные зачесть при её выплате. При этом пять календарных дней отпуска сохранятся. На работу всё равно нужно выйти 6 апреля, а эти дни — отгулять потом.

Остается ждать более четких рекомендаций Минтруда.

Обратите внимание, что 03.04.2020 Минтруд скорректировал (https://rosmintrud.ru/employment/54) свои предыдущие разъяснения (Рекомендации, утв. Письмом Минтруда  от 26.03.2020 N 14-4/10/П-2696 (п. 3)) по отпускам. В новой версии нет фразы "нерабочие дни в число дней отпуска не включаются", сказано лишь, что он не продлевается.

Следовательно, никакой особой оплате дни отпуска, совпавшие с нерабочими, не подлежат, отпускные пересчитывать не надо, и в будущем из-за случившегося отпуск работника не увеличится.