Без официальных разъяснений проблему нерабочей недели, совпавшей с отпуском, можно решить двумя способами:
1) делаем вид, что ничего не было. Отгулял человек отпуск и отгулял. Отпускные не пересчитываем, дни отдыха ему не добавляем;
2) квалифицируем нерабочую неделю как особый период, за который надо начислить обычную оплату труда. Соответственно, уже выплаченные отпускные пойдут в зачёт при ближайшей выплате зарплаты. А 5 дней отпуска за работником сохранятся, он сможет воспользоваться ими в другое время.
Если же нерабочая неделя и выплаты за неё входят в период для расчёта среднего заработка, то мы полагаем, что исключать эти дни и суммы из подсчётов не надо. Это не предусмотрено ни Положением об особенностях исчисления среднего заработка, ни Порядком его исчисления для пособий, ни Рекомендациями Минтруда по применению указа Президента (Письмо Минтруда от 26.03.2020 N 14-4/10/П-2696).

Обратите внимание: 03.04.2020 Минтруд скорректировал (https://rosmintrud.ru/employment/54) свои предыдущие разъяснения (Рекомендации, утв. Письмом Минтруда  от 26.03.2020 N 14-4/10/П-2696 (п. 3)) по отпускам. В новой версии нет фразы "нерабочие дни в число дней отпуска не включаются", сказано лишь, что он не продлевается.

Следовательно, никакой особой оплате дни отпуска, совпавшие с нерабочими, не подлежат, отпускные пересчитывать не надо, и в будущем из-за случившегося отпуск работника не увеличится.