Мы уверены, что нерабочая неделя не повлияла на изначальное количество рабочих дней марта и апреля. Соответственно, зарплату за март и апрель считайте как обычно. И тем, кто не работал, и тем, кто работал.
 
Без официальных разъяснений проблему нерабочей недели, совпавшей с отпуском, можно решить двумя способами:
1) делаем вид, что ничего не было. Отгулял человек отпуск и отгулял. Отпускные не пересчитываем, дни отдыха ему не добавляем;
2) квалифицируем нерабочую неделю как особый период, за который надо начислить обычную оплату труда. Соответственно, уже выплаченные отпускные пойдут в зачёт при ближайшей выплате зарплаты. А 5 дней отпуска за работником сохранятся, он сможет воспользоваться ими в другое время.
 
Если же нерабочая неделя и выплаты за неё входят в период для расчёта среднего заработка, то мы полагаем, что исключать эти дни и суммы из подсчётов не надо. Это не предусмотрено ни Положением об особенностях исчисления среднего заработка, ни Порядком его исчисления для пособий, ни Рекомендациями Минтруда по применению указа Президента (Письмо Минтруда от 26.03.2020 N 14-4/10/П-2696). 

Производственные календари в КонсультанПлюс или ином сервисе не являются нормативными документами и отражают только точку зрения их составителей. Руководствоваться ими организация не обязана.
Понятие "нерабочий день" в ТК отсутствует. Ни из одного документа на сегодняшний день не следует, что нерабочая неделя уменьшает изначальное количество рабочих дней в марте и апреле.
Кроме того, Минтруд разъяснил, что за труд в нерабочую неделю надо заплатить как обычно. Чего не будет, если уменьшить количество рабочих дней (п. 3 Рекомендаций, утв. Письмом Минтруда от 26.03.2020 № 14-4/10/П-2696).
Чтобы подстраховаться, можно издать локальный нормативный акт об особенностях оплаты нерабочей недели, где закрепить всё сказанное.

Обратите внимание, что 03.04.2020 Минтруд скорректировал (https://rosmintrud.ru/employment/54) свои предыдущие разъяснения (Рекомендации, утв. Письмом Минтруда  от 26.03.2020 N 14-4/10/П-2696 (п. 3)) по отпускам. В новой версии нет фразы "нерабочие дни в число дней отпуска не включаются", сказано лишь, что он не продлевается.

Следовательно, никакой особой оплате дни отпуска, совпавшие с нерабочими, не подлежат, отпускные пересчитывать не надо, и в будущем из-за случившегося отпуск работника не увеличится.