Сразу скажем, что однозначного ответа на ваш вопрос нет. Подробно об этом мы рассказали в ответе на вопрос «Льготный кредит под 2%: как посчитают МРОТ».
По вашей ситуации добавим вот что. Здесь есть некое несоответствие. Дело в том, что сумма выдаваемого кредита рассчитывалась исходя из численности, указанной в СЗВ-М (Письмо ФНС от 20.08.2020 № ВД-2-19/1542@). А в этой форме декретницы указываются, поскольку трудовые договоры с ним продолжают действовать.
Но когда сотрудница находится в декрете и не работает, она получает только пособие по уходу за ребенком. Поэтому условие о выплате ей зарплаты не ниже МРОТ невозможно соблюсти в принципе.
И получается парадоксальная ситуация: для того, чтобы вам не пришлось возвращать кредит, вам нужно выплачивать декретницам зарплату не ниже МРОТ. А вы не имеете права делать это по нормам ТК, поскольку она не работает и зарплату ей платить не за что.
Если подходить к вопросу формально, то раз условие о выплате средней зарплаты одному работнику в размере не ниже МРОТ вы не соблюдаете, то вам придется возвращать кредит и уплачивать проценты по нему не по льготной ставке.
В связи с этим рекомендуем вам обратиться в Минэкономразвития. Опишите вашу ситуацию и попросите разъяснить, как соблюсти условие о размере не ниже МРОТ у сотрудниц, находящихся в декрете, и как будет рассчитываться средняя зарплата в вашей ситуации для списания льготного кредита. Чем больше организаций будут обращаться в Минэкономразвития с этими вопросами, тем лучше. Тогда будет понятно, что проблема есть, причем не у одного заемщика, а у многих. И ее необходимо решать.