Если мы правильно поняли ваш вопрос, то после того, как вы заплатили авансовый платеж за 3 квартал, вы нашли у себя ошибку. В результате исправления ошибки налоговая база по УСН была уменьшена. То есть, авансовый платеж вы переплатили.  В этом случае действуйте так.
По итогам года рассчитайте налог в обычном порядке и минимальный налог при УСН, сравните их (п. 6 ст. 346.18 НК РФ). Отразите в декларации правильные суммы авансов и налога.
Если минимальный налог получился больше, чем обычный, значит за год заплатите минимальный налог. Разницу, которая у вас получилась между минимальным налогом и обычным налогом, вы cможете учесть в расходах за следующие годы.
Уплаченные авансовые платежи будут зачтены в счет налога или минимального налога, вам надо будет лишь доплатить разницу между налогом (минимальным налогом) и уже уплаченными авансами.
Если окажется, что авансов вы заплатили больше, чем сумма минимального/обычного налога, то доплачивать вообще ничего не придется. А возникшую переплату можно потом зачесть или вернуть (ст. 78 НК РФ).